Se han registrado de 1.5–2 millones de especies en el mundo y las estimaciones sobre la riqueza total se calculan en 8 millones. México ocupa el quinto lugar en diversidad de anfibios con 428 especies. En el estado de Hidalgo se han registrado 54 entre los que se encuentra el género Incilius. Los estudios de la nematofauna parásita de anfibios en el estado son escasos y no de una manera continua teniendo registros intermitentes. El objetivo de este trabajo fue conocer la nematofauna que se encuentra parasitando los anuros del género Incilius recolectados en tres municipios del estado de Hidalgo ampliando el conocimiento de los nematodos en México. Veinte ejemplares de Incilius sp. fueron recolectados durante los años 2015 y 2016, los organismos recuperados de los anfibios se revisaron e identificaron morfológicamente, obteniéndose también los parámetros de prevalencia, abundancia e intensidad de la infección. Con las medidas obtenidas de la revisión de los diferentes organismos se realizó un análisis multivariado aplicando pruebas de PERMANOVA de una vía y un análisis de coordenadas principales. Por otro lado, algunos de los nematodos obtenidos se sometieron a un análisis filogenético usando métodos de inferencia bayesiana y máxima verosimilitud. Como resultado se identificaron 10 taxones: ocho de ellos de la familia Cosmocercidae (dos del género Aplectana sp., un Cosmocercoides sp. y cinco Cosmocercidae gen, sp.), un Rhabdias sp. y un Ochoterenella sp. La especie que presentó la prevalencia, abundancia e intensidad de la infección más alta fue Cosmocercidae gen sp. 1, estableciéndose como el taxón más representativo, por lo contrario, los valores más bajos los obtuvo Rhabdias sp. Las pruebas de PERMANOVA arrojaron que las características morfológicas de longitud del esófago (LE), dirección de útero (DU), forma de la cola (FC), tipo de ala (TA), ubicación de la vulva (UV) y papilas en la vulva (PV) son significativas en las hembras de Cosmocercidae y el PcoA mostró la presencia de seis grupos formados por siete taxones. La reconstrucción filogenética basada en datos de las secuencias 18s + 28s mostró la posición de Aplectana sp. 2 y Cosmocercidae gen sp. 1 con respecto a otras especies de la familia Cosmocercidae. La divergencia genética entre las especies de Cosmocercidae entre las especies africanas, europeas, orientales y las de este estudio estuvo en porcentajes entre 11.85 y 24.01%.