Los sistemas agroforestales son considerados como una alternativa de producción amigable con el ambiente y han establecido gran relevancia en los últimos tiempos por la generación de servicios económicos y ecológicos, ya que permite almacenar grandes cantidades de carbono en los diferentes compartimentos que contribuye a la mitigación del calentamiento global. Por lo que, en el presente estudio se planteó el objetivo, cuantificar el contenido de carbono en biomasa aérea y suelo mediante métodos combinados para proponer diseños que permitan potencializar los servicios ambientales en los sistemas agroforestales con café en Chenalho, Chiapas. La superficie evaluada fue de una hectárea y la obtención de datos gasométricos en árboles (diámetro normal y altura) y arbustos (diámetro basal y altura) fue mediante un censo para luego aplicar ecuaciones alometricas, en tanto, las herbáceas y necromasa se hizo mediante muestreos sistemático directo de 1x1 m y para la cuantificación en suelo se realizó el perfil de suelo hasta un metro de profundidad mediante el método de zig-zag. Se realizaron análisis de varianza y comparación de medias por el método de Tukey. En los resultados obtenidos se encontró que las especies con mayor porcentaje de concentración carbono fueron Pinus maximinoi, Myrsine coriacea y Quercus crispipilis con 49.02, 50.91 y 52.6%, respectivamente. El almacenamiento de carbono aéreo fue de 45.90 Mg C ha-1 en árboles, 1.72 Mg C ha-1 en arbustos, 4.69 Mg C ha-1 en herbáceas, 5.33 Mg C ha-1 en necromasa y 263.11 Mg COS ha-1 en suelo. Se concluye que el sistema agroforestal con café en Chenalho, Chiapas almacena hasta 320.75 Mg C ha-1. De los cuales 55.93 Mg C ha-1 se encuentran en el componente sobre el suelo y 283.99 Mg se encuentran como carbono orgánico en el suelo en una hectárea.