Los murciélagos nectarívoros del género Leptonycteris son polinizadores y dispersores de semillas de una gran variedad de plantas en ecosistemas áridos y tienen una amplia distribución en México. Se consideran como migratorios, sin embargo, recientemente, su movilidad ha sido puesta en duda, para las dos especies que conforman el género (Leptonycteris nivalis y Leptonycteris yerbabuenae) en el centro de México. Ambas especies están consideradas como en peligro de extinción en EUA y amenazadas en México. El objetivo de este trabajo es documentar la estructura genética de las especies para determinar la dinámica del flujo genético en tres colonias de L. yerbabuenae y dos de L. nivalis en el centro del país, utilizando marcadores genéticos (microsatélites). Para ello, fueron recolectadas muestras de tejido cutáneo (Cueva del Guano, municipio de Metztitlán; Gruta de Xoxafi, municipio de Santiago de Anaya; Ahuacatitla, municipio de Huasca de Ocampo y Parque Ecológico de Cubitos, municipio de Pachuca en el estado de Hidalgo y la Cueva del Obispo, municipio de San Juan Nochixtlán, en el estado de Oaxaca). De cada muestra se extrajo el DNA para posteriormente amplificar los microsatélites seleccionados y visualizarlos en geles de acrilamida, teñidos con nitrato de plata. Fueron evaluados los parámetros de polimorfismo, heterocigosidad, riqueza alélica y estructura genética, a nivel genotípico, así como las relaciones de los haplotipos más frecuentes y compartidos entre las poblaciones. Los resultados muestran que las poblaciones son altamente polimórficas y en ellas existe una elevada diversidad genética. El flujo genético resultó ser más abundante en L. nivalis, lo que le confiere una menor diferenciación con respecto a L. yerbabuenae, donde la estructura general estuvo determinada por los machos. No se demostró aislamiento por distancia. Con respecto a las relaciones haplotípicas, L. nivalis muestra una red altamente centralizada, con elevada conectividad, compatible con el flujo genético más abundante. En L. yerbabuenae, se encontró una red de topología excéntrica en cascada, con baja conectividad, por lo que los patrones de flujo genético son complejos y derivan en una mayor diferenciación.