Se presenta información sobre los ensamblajes de murciélagos de dos familias neotropicales (Phyllostomidae y Mormoopidae) que habitan los matorrales crasicaules y las selvas bajas de las reservas de la biosfera Barranca de Metztitlán, Hidalgo y el Valle de Tehuacán-Cuicatlán, Puebla-Oaxaca. En Tehuacán se realizaron 44 noches de muestreo a través de un año (mayo de 1998-julio de 1999) y en Metztitlán se realizaron 48 noches de muestreo (junio de 2009-julio de 2010). La información obtenida fue comparada en términos de la riqueza de las especies, la diversidad, los patrones de abundancia, la estructura trófica e intervalos de tamaños presentes en los ensamblajes de murciélagos filostómidos y mormópidos en dos tipos de vegetación de Tehuacán y Metztitlán. En Tehuacán se registraron 16 especies, mientras que en Metztitlán fueron 10, de las cuales el 53% son compartidas. Aún cuando ambas regiones tienen historias biogeográficas diferentes, el análisis revela una estructura y organización similar de los ensamblajes de murciélagos. En ambas zonas, los matorrales crasicaules se caracterizaron por la dominancia en individuos y biomasa de una especie nectarívora: Leptonycteris yerbabuenae. La dominancia posiblemente está relacionada con las características y productividad de la vegetación. El ensamble dominante en los matorrales son los murciélagos nectarívoros. Las selvas bajas son el hábitat con mayor diversidad de murciélagos, donde además domina el ensamble de murciélagos frugívoros, aunque los nectarívoros también tienen una presencia importante. Esto puede obedecer a una mayor diversificación de los recursos alimenticios y una mayor complejidad de la vegetación. En ambas zonas se registraron las mismas categorías tróficas, con excepción de los frugívoros especialistas en desechos (Centurio senex) sólo presente en Tehuacán y las mismas clases de tamaños corporales, donde en general predominaron las especies de tamaño pequeño (clases I y II). En términos generales, la similitud en la organización de los ensamblajes de murciélagos que ocurren en Tehuacán y Metztitlán podría estar relacionada con la confluencia de las condiciones de aridez intertropical, la riqueza de especies vegetales quiropterófilas, la latitud tropical y el aislamiento, factores que han generado condiciones ecológicas especiales que permiten la existencia de dos comunidades muy similares de murciélagos, probablemente únicas en el mundo.