Se analizaron las interrelaciones de áreas de endemismo de la Zona de Transición Mexicana a partir de la comparación de tres propuestas de regionalización: Marshall y Liebherr (2000), Flores-Villela y Goyenechea (2001) y Morrone (2004). Se llevó a cabo el método de árboles reconciliados, utilizando diez géneros, tanto de especies de plantas (Dioon y Viguiera) como de animales (Ateuchus, Atropoides, Crotalus, Hologymnetis, Mesaspis, Misantlius, Porthidium y Phrynosoma). Se obtuvo un total de siete Cladogramas Generales de Áreas derivados de implementar un análisis de componentes con los supuestos 0 y 1, y los consensos de Nelson y de Mayoría del 50%. Los Cladogramas Generales de Áreas mostraron la formación de dos grupos de áreas, un grupo con afinidades Neárticas y el otro grupo con afinidades Neotropicales. La Faja Volcánica Transmexicana resultó relacionada con las áreas de afinidades neotropicales. La relación que se mostró más constante, fue él área de la Sierra Madre del Sur como el área hermana de la Faja Volcánica Transmexicana. De los Cladogramas Generales de Áreas y los diez taxones que se utilizó, se generaron 70 árboles reconciliados, con estos se compararon los resultados entre las tres hipótesis de regionalización a partir de los datos estadísticos, con lo que se obtuvo que el supuesto 0 es el que mejor refleja las relaciones entre las áreas de endemismo. Se registraron problemas al analizar la propuesta de áreas de Morrone (2004), lo que se atribuye a que el método utilizado no tiene la capacidad para manejar un número grande de datos, por lo que se sugiere que no todas las hipótesis de regionalización son adecuadas para todos los métodos biogeográficos y se concluye que la interrelación de las áreas de endemismo de un área tan compleja como la Zona de Transición Mexicana es el reflejo de un gran número de factores (eventos vicariantes, dispersión, entre otros) y si bien su interpretación es complicada, se reconocen cuatro eventos vicariantes en esta zona: La Faja Volcánica Transmexicana, el Istmo de Tehuantepec, la Depresión de Nicaragua y la Cordillera de Talamanca.