En este trabajo se exploró la respuesta del ensamble de lagartijas ante las modificaciones de la selva baja caducifolia causadas por la agricultura y la ganadería en la región de Chamela, Jalisco, México. Los objetivos de este trabajo fueron: (1) Evaluar y comparar la riqueza, abundancia y estructura del ensamble de saurios en dos ambientes: selva baja caducifolia (SBC) y ambientes modificados (AM), así como en las estaciones de lluvias y seca; y (2) determinar la diversidad funcional del ensamble de saurios para ambos ambientes y temporadas del año, mediante la riqueza funcional (FDc), equidad funcional (FEve) y dispersión funcional (FDis). Se realizaron muestreos diurnos, crepusculares y nocturnos en trayectos de 1000 x 6 m para registrar las especies de saurios en los diferentes tipos de microhábitats. Los rasgos funcionales de cada especie se obtuvieron por medio del trabajo de campo y literatura, y fueron, la biomasa, longitud hocico cloaca de cada individuo adulto de cada especie, así como su actividad, hábitos, tipo de forrajeo y dieta. Se obtuvieron porcentajes altos de completitud de los inventarios para ambos ambientes, los AM presentaron la mayor abundancia de individuos por especie. Las estructuras de los ensambles de saurios fueron equitativamente similares en la SBC y los AM, siendo esta mayor en la temporada de lluvias. Finalmente, los valores de diversidad de especies resultaron ser muy similares para ambos ambientes. La riqueza y equidad funcional fueron más altas en la SBC; sin embargo, la dispersión funcional resultó ser más alta en los AM. La temporada de lluvias presentó los valores más altos en los tres componentes de la diversidad funcional. Los resultados de este estudio muestran que a pesar de que la riqueza y diversidad de especies resultan ser similares, funcionalmente no lo son. Además la diversidad funcional disminuye cuando el hábitat es modificado por factores antrópicos, como se reporta para otros grupos biológicos.