Las lagartijas de la especie Sceloporus minor han sido utilizadas para realizar estudios enfocados a su conducta, sistemática, ecología y reproducción, entre otros. En relación con la reproducción. Ramírez-Bautista et al. (2013) estudiaron dos poblaciones en el estado de Hidalgo, donde encontraron variación inter-poblacional en: edad a la reproducción, tamaño de la camada, extensión reproductiva y variación en la actividad reproductiva entre machos y hembras. Sin embargo, no se clarifica a qué se deben estas diferencias. Se hipotetiza que puede ser una respuesta a las condiciones en las que habita cada población o bien, si son debido a un proceso de aislamiento reproductivo. Por lo que, en este trabajo se analizaron los niveles de variación morfológica intra e interpoblacional y se estimó la distancia genética entre poblaciones con base en el gen mitocondrial ND4 de S. minor. Los resultados indican un marcado dimorfismo sexual en ambas poblaciones, lo cual se ve reflejado en una mayor talla y patrones de coloración más conspicuos en diferentes regiones del cuerpo de los machos. Así también, se encontró que los individuos de la población de El Enzuelado son de mayor tamaño en longitud hocico-cloaca que los de La Manzana. Además entre poblaciones se encontraron diferencias en el patrón de coloración dorsal y del collar obscuro de los machos, y del área gular en hembras. La distancia genética entre ambas poblaciones fue de 0.024, un poco mayor a la distancia registrada dentro de cada población (0.015 para La Manzana y 0.003 para El Enzuelado). Un análisis de máxima verosimilitud indica que estas poblaciones (La Manzana y El Enzuelado) son conespecificas, junto con las otras poblaciones analizadas de S. minor. En conclusión, las diferencias morfológicas aunada a la poca distancia genética registrada entre estas poblaciones, indican que estas poblaciones están estrechamente relacionadas (son conespecificas), en este sentido, las diferencias morfológicas y la de algunos atributos relacionados con la reproducción y el dimorfismo sexual entre poblaciones estarían sugiriendo una plasticidad fenotípica en respuesta al ambiente contrastante en el que habitan estas poblaciones.