Hibiscus sabdariffa L. (HS) se caracteriza por su contenido de antocianinas. Su estabilidad se ve afectada por factores como la luz, el oxígeno y la temperatura. El almidón se ha utilizado como material pared para encapsular compuestos y puede ser modificado por tratamientos hidrotérmicos (annealing). El objetivo de esta investigación fue evaluar el efecto de la modificación térmica del almidón de malanga en la estabilidad de los compuestos bioactivos del extracto de Hibiscus sabdariffa L. microencapsulados mediante secado por aspersión. La modificación se realizó en una proporción 1:9 (almidón/agua) a 67 °C y 70 °C / 48 horas. Se cuantificaron los compuestos bioactivos (CB) y actividad antioxidante del extracto de HS; se realizó la caracterización del almidón nativo (AN) y almidones modificados (AM), así como de las microcápsulas y se evaluó la estabilidad (8 semanas / 4 °C). La microscopía electrónica de barrido del almidón modificado a 70 °C (AM-70) muestra cambios en la estructura de algunos gránulos, posiblemente debido a la gelatinización durante la modificación. Las microcápsulas obtenidas con este almidón presentaban agregados esféricos deformes, a diferencia de las microcápsulas del AN y del almidón modificado a 67 °C (AM-67) en donde se visualizan esferas uniformes. El AM-67 y AM-70 presentaron un aumento significativo (p<0.05) en la temperatura de gelatinización y una disminución significativa en la entalpía de gelatinización (ΔH J/g) a diferencia del AN. La actividad de agua de las microcápsulas fue de 0.150 ± 0.01 a 0.257 ± 0.01 encontrándose dentro de los parámetros establecidos para su almacenamiento (aw <0.6) La eficiencia de encapsulación del AN, AM-67 y AM-70 fue de 38.05%, 44.65% y 54.54%, respectivamente. Durante el almacenamiento de las microcápsulas de la semana 0 a la semana 8, hubo una disminución en el contenido de fenoles totales y antocianinas. En el caso del AN los porcentajes de pérdida fueron de 25.15% y 28.07%, para el AM-67 de 44.2% y 36.92% y en el AM-70 del 37.34% 25.04% respectivamente. Las microcápsulas del AN presentaron una disminución significativa en el transcurso de cada semana, a diferencia de las microcápsulas del AM-67 y AM-70, en donde la degradación fue mayor en las primeras 2 semanas y en las restantes hubo una degradación menor. Como conclusión, el tratamiento por annealing cambió la estructura granular del almidón de malanga y la estabilidad durante el almacenamiento fue mejor en los AM. Estos datos son importantes para futuras investigaciones, ya que hasta el momento no se han reportado estudios similares.