En México la obesidad es un problema de salud pública y el tratamiento quirúrgico es útil para contener dicha enfermedad en estadio mórbido. Sin embargo, existe una variabilidad individual de la pérdida de peso posterior a la cirugía, así como también la respuesta del sistema de defensa antioxidante (SDA) en los individuos con obesidad. Dichas variabilidades pueden estar moduladas por variantes genéticas propias del individuo. El objetivo del estudio, fue determinar la asociación entre la pérdida de peso y el perfil bioquímico con la presencia de variantes genéticas que participan en el SDA en pacientes con cirugía bariátrica. Se recopilaron en expedientes datos clínicos. Del plasma sanguíneo se determinó el índice de estrés oxidativo con la medición del estado oxidante total y la capacidad antioxidante total (ABTS•+), así como el índice de estrés oxidativo. Las variantes genéticas se obtuvieron por medio del microarreglo multi-ethnic y se realizó un estudio de asociación de genes candidatos participantes en el SDA. Se identificó que pacientes que perdían más peso a los 12 meses de la cirugía resultaron con mejores niveles plasmáticos de HbA1c (5.37 vs 5.65%) y de perfil lipídico (HDL: 56.93 vs 49.73, TGS: 91.71 vs 116.17 mg/dL) y una tendencia a mejores niveles antioxidantes/oxidantes en comparación de aquellos pacientes con menor pérdida de peso. También se identificaron un grupo de variantes asociadas en genes que participan en el SDA con los parámetros anteriores siendo PPARGC1A, PXDN, MSRA, NXN y PXDNL los genes con más variantes asociadas. Estos resultados podrían ayudar a comprender los mecanismos biológicos y la variación genética asociada a la pérdida de peso en pacientes mexicanos.