La botana se define como un alimento pequeño y ligero, que es empaquetada en raciones individuales, comúnmente no es considerada como un alimento nutritivo. La industria alimentaria busca ingredientes innovadores para procesar botanas que aporten al comensal efectos benéficos a la salud. La tecnología de la extrusión es un proceso innovador con bajos costos en las preparaciones de botanas, además de proveer nuevas características fisicoquímicas a los alimentos. En el presente estudio de investigación, se desarrolló y caracterizó una botana de 3era generación expandida mediante microondas, utilizando mezclas de harinas integrales de maíz azul y soya. Para el desarrollo de estos productos extruidos se utilizó un diseño de experimentos central compuestos rotable con tres factores (temperatura de la matriz de salida, humedad de la mezcla y concentración de soya), la combinación de los niveles de los factores dio como resultado 20 tratamientos experimentales (8 puntos factoriales, 6 puntos axiales y 6 réplicas en el centro). Se prepararon mezclas de maíz azul y concentraciones de soya que oscilan entre 0 y 40%, con un contenido de humedad entre 22-32% y una temperatura de matriz de salida entre 90 y 140ºC. Las variables de respuesta determinadas en los productos extruidos fueron, índice de expansión, dureza, densidad aparente, índice de absorción de agua, índice de solubilidad en agua, contenido fenoles totales, contenido de antocianinas, actividad antioxidante por DPPH y ABTS. Los resultados mostraron que los factores de estudio presentan efecto significativo sobre las respuestas evaluadas. El incremento en la concentración de soya disminuye el índice de expansión e incrementa la dureza y densidad aparente de los productos extruidos; mientras que el incremento en la temperatura de extrusión disminuye la actividad antioxidante y contenido de antocianinas. La metodología de superficie de respuesta nos permite predecir las condiciones óptimas de un proceso, en el presente estudio las condiciones óptimas de procesamiento fueron, temperatura de la matriz de salida (140ºC), humedad de la mezcla (27%) y concentración de soya (20%). Con esta concentración de soya se permite tener un alimento rico en proteína, rico en fibra y antioxidantes.