La microbiota intestinal es un factor que durante la última década, ha sido relacionado con el incremento de la masa grasa debido a su influencia sobre el control de la permeabilidad intestinal, desconjugación de las sales biliares, liberación de hormonas intestinales e inhibición del factor de adiposidad inducido por ayuno (FIAF), condiciones que fomentan la extracción energética de la dieta, es así que, la microbiota intestinal ha sido parte de los estudios que relacionan los factores de cambio nutricional en el tratamiento del sobrepeso y obesidad. No obstante, los estudios reportados no han sido determinantes en la relación que existe entre disbiosis y obesidad. Es por ello que el objetivo de este trabajo de investigación fue conocer la asociación de la relación Firmicutes/Bacteroidetes de la microbiota intestinal con el porcentaje de grasa, glucosa, triglicéridos, colesterol total y c-HDL en 70 universitarios de entre 18 y 25 años mediante un estudio observacional, transversal y comparativo. Los participantes fueron seleccionados por muestreo estratificado y caracterizados en 3 grupos de estudio: normopeso (29.5%), sobrepeso (27.4%) y obesidad (43.2%), quienes presentaron cifras de glucosa (83.91±5.78) y colesterol (172.71±29.73) total adecuados, mientras que llegaron a encontrarse con valores elevados de triglicéridos (116.35±83.77) y disminuidos de c-HDL (57.74±11.56 para mujeres y 51.38±7.88 en hombres). La relación F/B encontrada fue de 1.05 ± 0.90 para normopeso, 1.17 ± 0.94 para sobrepeso y para obesidad de 1.33 ± 0.68. Finalmente, tras establecer asociación mediante un modelo de regresión lineal, entre la relación F/B, indicadores metabólicos y porcentaje de grasa, ésta resultó estadísticamente no significativa (p >0.05) con una fuerza de asociación baja (R <0.5), concluyendo que deben tomarse en consideración factores como el tipo de dieta, nivel de actividad física y salud cardiovascular para lograr establecer relaciones significativas entre la disbiosis, composición corporal e indicadores metabólicos.