Las tunas (Opuntia ssp) pertenecen a la familia de las cactáceas y crecen en zonas áridas del mundo. México, además de ser el mayor productor de tunas del mundo, presenta una gran variabilidad genética. Las tunas de acuerdo con su pigmentación se pueden clasificar en amarillas, naranjas, rojas, moradas, verdes y blancas, existe una variación del contenido de metabolitos primarios y secundarios en relación con la pigmentación, genética, de las accesiones de las tunas, por lo cual, la identificación y cuantificación de estos compuestos es de suma importancia para comprender las propiedades biológicas Este estudio proporciona una comparación de los metabolitos de 13 accesiones de Opuntia con diferente pigmentación y de diferentes especies cultivadas en la misma zona de estudio. Se analizaron los metabolitos primarios mediante RMN 1H y se identificaron los biomarcadores y las diferencias metabolómicas relacionados con la pigmentación mediante análisis estadísticos. También se caracterizaron fisicoquímicamente y se cuantificaron el contenido de compuestos bioactivos como fenoles, flavonoides ácido ascórbico y betalaínas, además de la evaluación de la actividad antioxidante determinada mediante los métodos de ABTS Y DPPH. Mediante la técnica de RMN de 1H se identificaron 40 compuestos entre carbohidratos, aminoácidos, ácidos orgánicos y nucleósidos. Con los análisis estadísticos de PCA y OPLSDA se lograron ver los biomarcadores y diferencias metabolómicas entre las accesiones con diferente pigmentación, los metabolitos diferenciales para las accesiones de pigmentación verde-blanco fueron fucosa, etanol, gaba, ácido láctico y acido succínico, para las de pigmentación naranja- amarilla fue ácido málico, metionina, citidina, fucosa, tirosina y para las de pigmentación rojo-morado tirosina, ácido aconítico, histidina, galactosa, citidina. En cuanto al contenido de compuestos bioactivos y actividad antioxidante la accesión ꞌNaranja legitimaꞌ (naranja-amarilla) fue la presento mayor actividad antioxidante por el método de DPPH y también mostro la mayor cantidad de compuestos fenólicos, y bentaxantinas. La accesión ꞌConcha de Oroꞌ (verde-blanca) mostró la mayor actividad antioxidante por el método ABTS y el mayor contenido de ácido ascórbico. Y las accesiones ꞌRojo insurgentesꞌ y ꞌRojo papasꞌ fueron la que tuvieron mayor contenido de flavonoides totales y betacianinas. Los resultados indican que independientemente de la pigmentación las tunas representan una fuente potencial de compuestos con actividad biológica.