La encapsulación es una técnica utilizada en la industria alimentaria con el objetivo de adicionar y proteger diversos compuestos bioactivos en matrices alimentarias. La encapsulación puede llevarse a cabo mediante diferentes métodos, siendo el secado por aspersión uno de los más usados. La selección del agente encapsulante es importante debido a que este influye en la eficiencia de encapsulación, así como en la estabilidad del compuesto bioactivo. Estos deben presentar ciertas características para su aplicación, tales como; capacidad de formación de película, alta solubilidad, capacidad emulsionante, entre otras. Por otra parte, el uso del cáliz de la flor de jamaica (Hibiscus sabdariffa L,) ha aumentado debido a que sus compuestos bioactivos presentan capacidad antioxidante y antihipertensiva. Sin embargo, son altamente sensibles a factores como temperatura, luz, pH, afectando su efecto benéfico a la salud. Por lo anterior el objetivo de este trabajo fue evaluar el almidón de maíz doblemente modificado como agente encapsulante del extracto de Hibiscus sabdariffa L evaluando las microcápsulas durante 3 meses a dos diferentes temperaturas. Los encapsulados y el extracto seco fueron obtenidas mediante secado por aspersión, empleando dos temperaturas de entrada, 150 °C y 100 °C con un tiempo de proceso de 1.5 hora para los encapsulados y 2.0 horas para los extractos secos. Se caracterizaron los encapsulados y extractos secos morfológicamente mediante microscopía electrónica de barrido, se determinó su humedad relativa y aw. Los compuestos bioactivos (compuestos fenólicos totales, flavonoides y antocianinas) fueron cuantificados y se determinó su capacidad antioxidante (método de ABTS y DPPH). Los encapsulados obtenidos a 150 °C presentaron una menor aw y humedad relativa en comparación al proceso de 100 °C. Con respecto al contenido de compuestos bioactivos y actividad antioxidante, los encapsulados obtenidos a 150 °C presentaron una mayor concentración, mejor estabilidad de compuestos bioactivos y capacidad antioxidante durante los 3 meses de almacenamiento. Por lo que se concluye, que una temperatura mayor preserva a los compuestos bioactivos y capacidad antioxidante debido a que el tiempo de contacto es menor a temperaturas elevadas.