Se generó un modelo matemático de orden reducido basado en datos de literatura para simular la producción de hidrogeno en una celda de combustible microbiano validado con datos experimentales. Tres procesos se consideran en el modelo: 1) consumo del sustrato (eliminación materia orgánica de agua residual), 2) La producción de biomasa, y 3) la producción de hidrogeno mediante electrolisis. Este modelo se ha extendido a una operación en continuo, que se emplea como una planta virtual para permitir la aplicación de un controlador propuesto. La ley de control no lineal contiene una retroalimentación de doble sigmoidal del error de control con el n de controlar la concentración de sustrato en el valor mínimo que conduce indirectamente a regular la concentración de H2 gaseoso en la MEC. Se realizo un barrido a lazo abierto para ver el efecto de la entrada de sustrato a la MEC o sistema (flujo de alimentación en este caso tasas de dilución D) sobre las tres variables de estado con el objetivo de seleccionar los puntos de equilibrio correspondientes a la máxima producción de hidrogeno, identificando 4 escenarios posibles para implementar la ley de control.