Estudiar los patrones de distribución de las especies permite conocer cómo están distribuidos los organismos y ayuda a entender los procesos que modelaron dicha distribución, permitiendo además identificar áreas de interés para la conservación debido su riqueza biológica e histórica. Con base en lo anterior en el presente trabajo se realizó un análisis panbiogeográfico de 196 especies de lagartijas y serpientes distribuidas en las seis áreas desérticas de México (zona árida del Cabo, Desierto de Baja California, Desierto de Sonora, Desierto Chihuahuense, zona árida de Tamaulipas y el Valle de Tehuacán-Cuicatlán) para conocer sus patrones de distribución e identificar áreas prioritarias para la conservación. Los trazos generalizados se obtuvieron mediante un análisis de endemicidad con el método de optimización, los nodos resultantes se compararon con tres propuestas de conservación biológica (ANPs, AICAs y RTPs) y se clasificaron en orden prioritario mediante un análisis de complementariedad. Se identificaron 27 trazos generalizados, agrupados en siete niveles de anidamiento y se encontraron 26 nodos, de los cuales 16 coinciden con algún área de importancia para la conservación biológica y tres son congruentes con todas las propuestas de conservación biológica antes mencionadas.