RESUMEN El comportamiento característico en individuos con Trastornos del Espectro Autista y los síntomas gastrointestinales ha sido asociado al consumo de alimentos con gluten y caseína, planteando su disminución con suplementación de omega 3 debido a la comunicación bidireccional entre el eje intestino- cerebro. El presente tuvo como objetivo conocer el efecto la dieta libre de gluten y caseína con suplementación de omega 3 en la conducta, cognición y síntomas gastrointestinales de niños con TEA durante 12 semanas, incluyendo niños de 5 a 10 años con diagnóstico de Trastorno del Espectro Autista atendidos en el Hospital del Niño DIF Hidalgo, con malestares gastrointestinales, entre otros criterios. Formando 3 grupos homogéneos: el grupo A con dieta libre de gluten y caseína; grupo B con suplementación de 1.2 g de omega 3 y grupo C con dieta libre de gluten y caseína más suplementación de 1.2 g de omega 3; evaluando estado de nutrición, frecuencia de síntomas gastrointestinales y aplicando escalas C.A.R.S., ATEC, CONNERS, así como frecuencia de consumo de alimentos antes y después de la intervención a los padres. El análisis de datos se realizó por ANOVA de dos vías de medidas repetidas, frecuencias absolutas y prueba de chi cuadrada. El grupo A, disminuyó significativamente la distensión abdominal, flatulencias, total de la escala C.A.R.S., ATEC total y salud/físico/comportamiento. En el grupo B mejoró distensión abdominal y flatulencias, el total de la escala C.A.R.S., disminuyeron los puntajes ATEC total y salud/físico/comportamiento. En el grupo C, disminuyó la constipación, flatulencias, distensión abdominal, C.A.R.S. total, ATEC total discurso y salud/físico/comportamiento. Los resultados sugieren que la dieta sin gluten y caseína y suplementación de omega 3 puede promover la disminución de síntomas gastrointestinales, escala C.A.R.S referente a la gente, respuesta auditiva, uso de objetos, adaptación al cambio, respuesta visual, nivel de consistencia de la respuesta intelectual impresiones generales.